1、Oligo(dT ) Primer也可稱為寡聚胸腺嘧啶引物,是只有胸腺嘧啶組成的寡居核苷酸鏈,長(zhǎng)度范圍在10~20個(gè)堿基之間,常用的Oligo(dT )Primer有15堿基、16堿基和18堿基。
Oligo(dT ) Primer利用了堿基互補(bǔ)配對(duì)的原則以及mRNA含有poly(A)尾巴的特點(diǎn),巧妙設(shè)計(jì)而成。由于這個(gè)特點(diǎn),使得Oligo(dT ) Primer只能和mRNA配對(duì),并在適宜的條件下完成反轉(zhuǎn)錄。原核生物的RNA,真核生物的rRNA和tRNA無(wú)poly(A)尾巴,因此用Oligo(dT ) Primer作為反轉(zhuǎn)錄引物時(shí),這些RNA均不能作為模板。這限制了反轉(zhuǎn)錄后獲得的總cDNA的數(shù)量和種類。另外,若mRNA過長(zhǎng),可能會(huì)形成二級(jí)結(jié)構(gòu),這時(shí)Oligo(dT ) Primer擴(kuò)增也會(huì)有一定的困難。同樣提示我們,在反轉(zhuǎn)錄時(shí)根據(jù)需要選擇引物。
2、Random Primers即隨機(jī)引物,常用長(zhǎng)度是6堿基或9堿基,它是一種混合體,在每一個(gè)位置上四種堿基都可以隨機(jī)的出現(xiàn),如AATCGC,TTAAGCG等,如此可以有46或49種組合。
隨機(jī)引物可以根據(jù)堿基情況結(jié)合到幾乎所有的RNA上,包括mRNA、tRNA和rRNA。因此Random Primers適用于mRNA、tRNA和rRNA等所有RNA的反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),適用于長(zhǎng)的或具有發(fā)卡結(jié)構(gòu)的RNA,對(duì)物種沒有限制,病毒、細(xì)菌、植物、動(dòng)物等都可使用。
3、目前有的公司和實(shí)驗(yàn)室提倡Oligo(dT)和Random Primers混合使用,以此保障獲得更為完整的cDNA。
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